Additional File 1. Genomic sequences used to generate MLAGAN alignment >FUGUscaffold_10dna:scaffoldscaffold:FUGU4:scaffold_10:1665911:1703321:1 AGACAGCTGATGTCATCTAGGAGGCACCACATCGTATCGAATATATAACAAAATGTAATTGAAAAAATTATTCAAACGGCGATTGATGTTTAGAAGGCATACTTGTTGGATGTTTTGGGCCAGGATCAGGTCTGGAATCAGCGATGGCTCCTTCAGCATGCTGTTGAGGACCGTCTTAGAAGCTGTGGACAAAGAGGAAAAAGAAATGCAAAAACCTATGACCATTAGTATGTACATTTTCTAATCTAATAAAGCTAATGGCTGCATTGTGCAAGCAGATGTTAAAAAAGACATAAGACAGCCTTTACGCTGCGAAAAACACAATTCCCAGCATCCATATTAGCTCTTTAAATGGCTGCCCAGTGAGGATACAGATTTTCTATAGATAAATGCTTCAGTCCATGGCACAGATGCTGCACGTAGTTTATCTATGCTCCCAACGCCGACTAGTCTGCATCTCTCATCCACGTTCGGGCTCTAACATTATAAATCAGAAAGGATAGCGTCACGGATTGATTCGCTGGCACTGCGACGGCAAAAAAAATAAAAAAAATTCCTTAAATCATTTCTTAAAAAGATCTGGATTAAATGGATTGTATCATTGTGTGACGAAATGGCCGGGGCTCGCCATTTTCGTGATACATGGCCCTGCCAGATGTGCAGTATTACAGACGATACCGGGATGTTTCTATTCACATTTCAAGCATGGATGGCGCCTGTTCCATCCAGTCAGAGATTCCCAGGCTCATCCTCACAACTGTGCAAAGAACACACGTTAAACTAAGATGGCTTGTTAACATTGATTTAAAGAAAATGATGGTGCACAGTTACAAGGGCTTAGTTTATCATTTCAAGGCTATTAAATTGATTTCAATATTAGAATTGTTTTATTTAGAATCTTTTGTTATGGGAGCATGACATGCACGACAGCATGTGCATTTTTAAAAAAATCAACCTTATGAAATAAAAAAAGAAAAGACTAAGCAGAACTAAGCCTGTTATTAGCTCTATTTTACCGCTCCTCCAAATGTTTGTGCCGCCATTCTTATTTTGGCTGGACCACATCTGTTTCAGTCTCTCCCAGCCCACCCTGCAACCACACGCGCTTCCCTTTTAGAGCTGCGAGGCACAGAGCTGTGCTTTATCCCTTTGCTCATTTTTCTCAGAGATTGGTACCTTCACGCGTAGATCCATACAGTGCGCCTGTGCGGCGTGGGCGTCGCCAGAGAAGGAGGGTTATATTTTCCCCTTGAGTTAGGACACCTCGTGACAAATGATAATGGATAATCAATAAAGCGGGAAATATGAGGCAGCAAACTTTATGAAGCCAGGAGACGAATTACTCCCAAACAACACTATGGTTTCCCTTAACAAAGTCACTACTCGACTGTGCCTAATAATCTGAAGGAAAATCAAAGGACCCAGAACCACATCAGCAATATTGGCAACTTATTCCACTTTAATGGCATTTTGATTGATTTTTTTTCCCCCTCTTCCTAATGGTCGTTTTATAGATTTGACGCTGCTTCTGCAAAACAGTGGTGTGTAATAAACCTCCCTGAAGGCAAACGATAGCCATTAAAGCTCTTGTCTTACTAGCGCTCATAATTGGAGGTTGACCACTACCACATTTTGGCTCCTCACATAACACACCCCTCCACAGCCAGGCTCCTCTTTCGCTCCTGCAGACTCTTGGTATTTTCGGTAGCCAGCCATATTGAACAAAAGTATCCCCTTTTCCTGCTCTCTTTGAGCAACGTGGGTTAAAAATAAGCATAAAAAGGTGACCTTGACACTGACATTGTAGAATTTCAGCAAGCACTGACCTGATGGAAATGGAAGGCAAGGCCACTAATAAATCAGGATGCTTTTAAAATGAGTTTACCCTAATGCTCATTCATCACGGGCAGTAATGCCATTTGCAGGCCGCGGATTCGCTGCGGTGCACAAACACAGCAGTAAATAACAACAGAGCCCTCGCATCCCCTCGCATCGGTGCAGCCTCCAACATCAGCATACATTTATTAAAGACGCCCCCGCCTCGCACAGTGGCGCTCCTCTATGACACCCTGAGCTCCTCTCTGCCACACGCAACGCTCTTCAAACACATCCTCTCAAGACACACAAACACATAAAACCCAAGCAGAAAAATAAAGAAACGGCATAATCTGAGGAACGGCAGATACGGAGAACAAAGCCCCGCAGTCAGATGCCGCACCTTGTAAACATTCGCCAAATTTACTATAATTGTCCGCTGCTGGTGTAAATTCTAACAAAGGCACCAAATCACGCTGCCGACGTCTGAACCGACTGAGAAGCGCGGAATGCTACACCTCCACTGGGATTTACTAAAGAACACAGCCAGTGTAAACAAACCGCAAGCCTGCTTTCACATGCAGCTGCTAAAAAAGACAAAGCGCACAAAGCTAGGTAACAGCAACGCGCGCTCGCCTTGATTTCTTATTGCTTACTCGTGTCATTTGTAACATCTCTTCCTTTCTCCGCTAGGGTGAAAAACTCATTATCCTAAACATGGAAAAATGTGGGGAAACCTCATTAGATCGCAACATTTGTTGAGGAAGGGCCGTAATAAACAGTAACGGATGACGATTGTTATTGCCCCTGACACTGATGAGCTCCTCGGCAAGTTTGTTTATTAATTAAAAAACTCACTTTTTTCACGGATGGAGGGGTGGGGGTGGGGTTGCTACGCATTTGCTCTATCTCTGTCCACACTCCCCCTCCACACTTCCCATACACCAGCCGCTGAGCTGTGGAGGGGCACTCGTTCATCAAACTTCATGAAGCAAGGGAGAGACAGGTCCTGATAATGTGCGCCACTAAAGCTGATTTTCCATGATGAATCTCGGAGCATATAAATTGGCTAATATCTGAAAACATTTACAGATACTAGAGGAATTGACTACTTGTGGGACATGATGGATGAGGCTCTGCGACACCGGCCGACAGCTCTGCAAATCTCGGCGGCTGCCTAAAGCCCTCATTTGATTTTCCAATTTACTCCTTTTAAATTTATCCTCCTGTATTGAAAAAAAGAGTGAGAGAGCAAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGTGGGGGAAAGAGAGAGTGGTTTTTCTTTTTTTGCTTTATCTGTTGTGGTGTGCTGGTGCTGGTGGATGATACGAGGTGGTATCTCCCTCGCAGGAGGAGCACAGTCCCTGAAGAGGTTACTGGGGCAGAACTGATCTGCTTCCACCTGATTCTCCCTGATAGCGGTGAAATGAGACTACATTTTGTGTGCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGCAGCAGAGCCAACAGTGGGGCTAGGGAGGCTCTCCAATGGAGAGAGGCTTCCCAGGTCAGGCCATTAGACTGTGGCAGGGTCTGACTAGAGCTTCTCTGCTGAAAAGGAGTAATTAGTATACTTGTCAAGTGAAGTGCCACAATCCTGCTTACCACCCCTGCGCACACCCCCTGCATGCATACACATCCCCGCACAAACACTCATCCTGCCTTTGCCTCCTTACACCCTCCCTTCTCACTAATGAAGTGCCCTCGGTCTCATTATCTGAAAAAAATCGCGGCTCTGCAGCGGCAGAGAGGTGAATGGGAAAAAAAGAAAGAAGCACTTGAGAACAAGAGAGGGGAACCATAACAATAACAGTGAAAGTTGAGATTTTACTCCAAAGAACATTATACAGTATCCCATTATCATCACGTCTGATCTTCAAAACACTGCAGCTATTATAAATTCTGTCATGGAAGCACAAGATCGCAGTCATCGCTGGCGTTCTCACAGTGTTAATATCAAACGGAGGACATTTATAACCTTGTGTACAAGGCTTCTGTAAAGGAATGTGACAATAAATCTTAAAGGCAGTCGAATCACATAGTTACAAAACATGGAGCAGCAATTTAATCTGAAGCTGGGCCTTGGGAAAATGGAAAAGGTCAAATAGCTGGCAAAATTGCCTCCTCAAAAAAAGTATGTCTAAATCTAGAGGCACATCAGGTCCTGTCAAAGATGGAATAGATGGAAAGATGAAGAGATAGCAGGAGGGGAGAGGGAAGGAGCTGGAGCTCCCCCATTGTGTTGGTGACTTGTAAGAGGTGGGATCTATAGACACAGAGTCCAGCTGGGGCTCGGAATGTATACCTGAGCTCTAGGTTTGATTCAGTCTATTTGCTTTTCACCATTTCCACATATTTTCTTTCAAAATGGTTCTATATCAAGGAGTTTAATATTTACCTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATATTTAGCAAAACCAGATTCATTTTGATGAAGGAATCCACCAACTTTAACTCCCTGTATTTCCATTTTTATGGTATGTCTTTAAAAAAAAAAGTGAAAAAACATGTCAAAAGATAAATAGATACATCTTCCCCCCAAGACCGTATTCTGTTTGAGGTATTAGCCTATTTAAACGCCAAACTCCAAAACAACAAATCAGGAAGAGATTCTAATGACTTTAAAACAGGGGACAGCACAGTATGAAACGGTCCACTTTGTTTCCACGAGACAGGAAGCATTATGGATGTTGATATCATATTCAATATGTGATAAAACTGCTTTGAATGCATTGATTTATTTACAGCTGCCACCAGATAGTCTTTCATCCTGCTTGACTGATGCTTTCTCCAATAATTTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAACAACTGAGCAAAAACAAAAACAAGGAAGGGACAGAAAACAATTTAAAACTCTGTATTGATCCGGTGGTAGTGATTGTACATATATTCCACAGTCCCA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