This directory contain information about gene structure changes in mammalian lineages. For each gene undergoing a structure change, a phylogenetic analysis was done to find the most parsimonious explanation of the changes. As only fusion events relative to the reference human gene was found, we do phylogenetically analysis on the presence/absence of human introns. The presence/absence of each intron in a species is specified by a 0/1/? terniary flag. The presence and absence of the intron is indicated by 0 and 1 respectively. If there is incomplete sequence information about an intron, it is marked by a "?" flag. Gene RP11-126K1.1-001,intron 8 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:0 galago:0 human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:? rabbit:0 rat:1 rfbat:0 shrew:0 tenrec:0 tetraodon:? xenopus:? zebrafish:0 Gene AC009404.1-001,intron 6 armadillo:0 baboon:0 chicken:0 chimp:0 cow:? dog:0 elephant:0 fugu:0 galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:0 mouse:1 platypus:? rabbit:? rat:1 rfbat:0 shrew:0 tenrec:? tetraodon:0 xenopus:? zebrafish:0 Gene AC116366.3-001,intron 3 armadillo:0 baboon:0 chicken:0 chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:0 rat:1 rfbat:0 shrew:? tenrec:0 tetraodon:? xenopus:? zebrafish:? Gene RP11-505P4.2-001,intron 6 armadillo:? baboon:0 chicken:0 chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:0 fugu:? galago:? human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:? rabbit:0 rat:0 rfbat:0 shrew:1 tenrec:0 tetraodon:0 xenopus:? zebrafish:0 Gene RP11-505P4.2-001,intron 5 armadillo:? baboon:0 chicken:0 chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:0 fugu:? galago:? human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:? rabbit:0 rat:0 rfbat:0 shrew:1 tenrec:0 tetraodon:0 xenopus:? zebrafish:0 Gene XX-FW83128A1.1-016,intron 4 armadillo:? baboon:0 chicken:0 chimp:? cow:? dog:? elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:? monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:0 rat:0 rfbat:0 shrew:1 tenrec:? tetraodon:0 xenopus:0 zebrafish:0 Gene XX-FW83563B9.3-011,intron 1 armadillo:? baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:? dog:? elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:? monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:0 rat:0 rfbat:1 shrew:? tenrec:? tetraodon:? xenopus:0 zebrafish:? Gene AF277315.16-001,intron 9 armadillo:? baboon:0 chicken:? chimp:? cow:? dog:? elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:? monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:? rat:0 rfbat:? shrew:1 tenrec:? tetraodon:0 xenopus:? zebrafish:0 Gene AP001187.10-004,intron 1 armadillo:? baboon:? chicken:? chimp:? cow:? dog:0 elephant:0 fugu:? galago:? human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:0 mouse:1 platypus:? rabbit:? rat:1 rfbat:0 shrew:? tenrec:? tetraodon:? xenopus:? zebrafish:? Gene AC011330.7-001,intron 4 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:? rabbit:0 rat:1 rfbat:0 shrew:? tenrec:? tetraodon:? xenopus:? zebrafish:? Gene AC018512.8-001,intron 3 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:? mouse:1 platypus:? rabbit:0 rat:0 rfbat:0 shrew:0 tenrec:0 tetraodon:0 xenopus:0 zebrafish:? Gene AC018512.8-001,intron 2 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:? galago:0 human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:? mouse:1 platypus:? rabbit:0 rat:0 rfbat:0 shrew:? tenrec:? tetraodon:0 xenopus:0 zebrafish:0 Gene AC018512.8-001,intron 5 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:? fugu:1 galago:0 human:0 macaque:? marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:? rabbit:0 rat:1 rfbat:0 shrew:? tenrec:0 tetraodon:? xenopus:0 zebrafish:1 Gene AP000313.5-001,intron 5 armadillo:0 baboon:0 chicken:0 chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:0 fugu:? galago:0 hedgehog:0 human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:? rat:0 rfbat:0 shrew:1 tenrec:0 tetraodon:? xenopus:? zebrafish:? Gene AP000313.5-001,intron 4 armadillo:0 baboon:0 chicken:? chimp:0 cow:0 dog:0 elephant:0 fugu:? galago:0 hedgehog:0 human:0 macaque:0 marmoset:0 monodelphis:0 mouse:0 platypus:0 rabbit:? rat:0 rfbat:0 shrew:1 tenrec:0 tetraodon:? xenopus:? zebrafish:?